海淀旧商会始建于清代。畅春园、圆明园、清漪园等皇家御园在海淀镇西北建成后，许多朝廷大臣也在海淀镇附近修建起宅第别墅，于是一批直接为皇宫和高官大臣提供服务的商业应运而生。随后由义兴当的闫华儒、开炉房的王振堂等商业大户在海淀镇火神庙内成立海淀地区的第一个商业组织――海淀公议局。到光绪年间公议局更名为京都海淀事务所。以后历史虽经多次变革，但是工商事务所的商业行会组织却沿续下来。1924年更名为京师海淀商会，会长由李剑华一直担任到1948年底。1948年12月海淀地区解放，随即成立十八区人民政府，次年4月改组商会，丁百川任会长，赵汝枫任副会长。商会由火神庙迁到海淀镇清梵寺内办公。1949年10月，商会经整顿后新选举委员17人，何宜昌任会长，胡振亚、苏铭盘任副会长。1951年6月，海淀商会纳入北京市工商联系统，成立北京市工商业联合会海淀分会，委员18人，何宜昌任主任，侯明、张银柱任副主任，张泮藻任秘书长。分会由清梵寺迁到海淀镇驴市口1号院办公。1953年1月，再次改选分会领导，设常委10人，陈宝森任主任，吕光印、康笑尘、张泮藻任副主任，范子杰任秘书长。根据全区2073户私营工商业分布状况，成立清河、青龙桥、西苑、蓝靛厂、新北京、西北旺、门头村七个办事处；分会机关下设组宣组、业务辅导组、统计组、财务保管组和秘书室。1956年一部分市属企业下放到海淀区，分会增选了部分公私合营企业的委员，并增补尹瑞林为副主任。1956年，将原七个办事处合并为新北京、青龙桥、清河三个办事处，同时成立学习委员会、业务辅导员会、财务委员会、互助金委员会和秘书室。1966年文化大革命开始，工商联被迫停止活动
1980年9月区工商联恢复活动，成立北京市工商业联合会海淀区办事处。陈宝森任主任，许世全、高巨 璋、李茂永、何宜昌任副主任，杨学恭任秘书主任。1993年5月，根据市委（1992）12号文件精神，恢复工商联区级组织，称为北京市海淀区工商业联合会。10月成立妇女工作委员会。10月在五届五次执委会上通过聘请区政府常务副区长李进山为区工商联名誉会长的决定；同时增选陈佳立、原永民、高培林任副会长。12月11日经区委组织部研究，推荐杨志洪任工商联驻会副会长。
历届会员代表大会：
1952年12月9日召开第一届会员代表大会。大会号召全体会员认真学习党和国家过渡时期总路线，推动私营工商业走国家资本主义道路。大会选举产生执行委员31名；选举何宜昌为主任委员，侯明、张荣庆为副主任委员。
1956年10月召开第二届会员代表大会。大会贯彻在资本主义工商业社会主义改选基本完成以后，工商联仍需长期存在并发展的政策；通过全联提出的“听毛主席的话，跟 共产党走，走社会主义道路”的号召。大会选举产生执行委员31名；选举陈宝森为主任委员，吕光印、康笑尘、尹瑞林为副主任委员，范子杰为秘书长。
1958年11月18日召开第三届会员代表大会。大会号召工商界人士高举总路线、大跃进、人民公社三面红旗，多快好省地建设社会主义主；同时还决定继续将“听、跟、走”作为工商业者的座右铭，向工人阶级学习，改造自己的世界观。大会选举产生41名执委；选举陈宝森为主任委员，尹瑞林、张泮藻、吕光印、康笑尘为副主任委员，范子杰为秘书长。
1962年12月18日召开第四届会员代表大会。到会代表147人，大会号召工商业者“顾一头、一边倒”（顾国家、人民利益一关，倒向社会主义一边），接受社会主义改造，一心一意为社会主义服务。大会选举产生执行委员45名；选举陈宝森为主任委员，刘振瑜、尹瑞林、张泮藻、康笑尘为副主任委员，范子杰为秘书主任。
1993年5月28日召开第五届会员代表大会，到会代表185名。全国政协副主席孙孚凌，市政协副主席、市委统战部部长沈仁道出席会议并讲话。大会学习贯彻邓小平同志建设有中国特色社会主义理论和党的基本路线，明确区工商联今后工作任务是贯彻中共中央（1991）15号文件精神，改造七项职能，使工商联成为党联系非公有制经济的桥梁，政府管理非公有制经济的助手。大会选举产生执行委员53名。选举陈宝森为主任委员，苏维明、鲍忠义、许洪贵、刘寿平、王文京、李春生为副主任委员，李春生兼秘书长。
1997年4月召开第六届会员代表大会，于1997年4月2日在皇苑大酒店召开。这届代表大会是根据中央和市委“工商联提前换届”的指示精神召开的。市工商联党组书记、第一副会长崔永年，海淀区委书记、区人大常委会主任李荻生，区委副书记胡桂枝，区人大常务副主任严怀儒，区政协常务副主席周佩良，区政府副区长周卫民，区政协副主席、区委统战部部长周来升，市委统战部工商经济处处长李姝等领导亲莅大会。出席会议代表181人。截至1997年底，工商联共有会员937家。
2001年12月14召开区工商联第七届会员代表大会，在首都体育馆会议厅隆重召开。出席会议代表124人，市政协副主席、市工商联会长孙安民，市工商联副会长李姝，海淀区政协主席王珍明，海淀区委副书记申建军，海淀区委常委、区政协副主席、区委统战部部长周来升，海淀区人大常委会副主任刘同生，海淀区副区长孙宝启，海淀区政协副主席刘永平等市、区领导出席了大会。大会选举产生了第七届执委会，会长孙狄。
2006年7月26日在皇苑大酒店召开的第八届会员代表大会，选举产生了55名执委，选举孙狄为会长，选举林虹、张正旺、刘志平、吴双、赵建国、郭延生、曹玉冰、刘迎建、侯迅、林菁、陈渊、白连树、田全海、陈徽、秦升益、张骥为副会长。2007年增补左京风、胡滨、刘树昌为副会长。2010年由胡树华接替刘树昌。
2011年9月29日，海淀区工商联第九次会员代表大会暨商会成立大会在世纪金源大饭店召开。大会听取并审议区工商联第八届执委会工作报告，明确未来五年的工作任务和发展目标。选举产生了第九届工商联执行委员会和区工商联、区商会领导班子，副区长陈双当选为海淀区第九届工商联主席、海淀区商会会长。市工商联党组书记、第一副主席吴杰，市工商联副主席郑勇男，区人大常委会主任周来升，区委副书记、政法委书记关成启，区委常委、统战部部长、副区长高祥阳，区政协副主席王洪秀，区政协副主席、区委统战部常务副部长刘恪等领导出席会议。