进入20世纪90年代以后，国际国内形势发生了重大而深刻的变化，出现了一些新的时代特征和发展趋势，对我国的经济、政治、文化和社会生活，对统一战线和多党合作的巩固和发展，都产生了极为重要的影响。以江泽民同志为核心的第三代中共中央领导集体，着眼时代要求和我国社会发展，在深刻总结历史经验的基础上，坚持与时俱进、开拓创新，强调中国的政局要稳定，就必须稳定多党合作这个基本政治格局，并提出了一系列新的理论观点和政策思想，进一步丰富和发展了毛泽东多党合作思想和邓小平新时期多党合作理论，成为“三个代表”重要思想统一战线理论的重要组成部分。第三代中共中央领导集体对多党合作理论政策的新论述、新概括、新发展，主要有以下几个方面：
一是进一步明确了多党合作制度在我国政治生活中的重要地位。1989年制定的《中共中央关于坚持和完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的意见》，明确了民主党派的参政党地位以及参政议政的基本点，使我国共产党领导的多党合作逐步走上规范化、制度化的轨道。1993年，“中国共产党领导的多党合作和政治协商制度将长期存在和发展”被写入宪法，上升为国家意志。1997年，党的十五大又将坚持和完善共产党领导的多党合作和政治协商制度，纳入中国共产党在社会主义初级阶段的基本纲领，明确为我国的基本政治制度。江泽民同志强调指出：“没有中国共产党领导的统一战线和多党合作，就不可能最大限度地把全民族一切爱国的进步的力量团结和调动起来，去实现我们共同奋斗的目标，这是中国新民主主义革命以来直到现在几十年历史进步的一条基本结论。”
二是进一步提出了新世纪中国共产党领导的多党合作必须坚持的重要原则。1997年底，江泽民同志在接见民主党派新老领导人时，在总结中国共产党与各民主党派半个多世纪团结合作历史经验基础上，提出了新世纪多党合作必须坚持的四项重要原则，即坚持以邓小平理论为指导，坚持社会主义初级阶段的基本路线和纲领，坚持中国共产党领导的多党合作和政治协商制度，坚持“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针，从而进一步明确了新世纪多党合作的政治基础和前进方向。
三是进一步概括了我国政党制度的显著特征。2000年，江泽民同志在全国统战工作会议上指出，我国政党制度的显著特征在于，共产党领导、多党派合作，共产党执政、多党派参政。这一科学论断进一步明确了共产党和各民主党派在政治上的领导与被领导关系，在政权建设上的执政与参政关系，在建设中国特色社会主义事业中的团结合作关系，从而划清了与国外一党制和多党制的根本区别，显示了我国多党合作制度的巨大优势和旺盛活力。
四是进一步阐述了衡量我国政党制度的基本标准。用什么标准来衡量我国政党制度，是有效抵御西方多党制影响，坚持和完善我国政党制度必须解决的一个重大理论和实践问题。江泽民同志根据马克思主义基本原理和毛泽东、邓小平同志的论述，第一次系统、完整地提出了衡量我国政党制度的基本标准，即“最根本的是要从中国的国情出发，从中国革命、建设和改革实践的效果着眼，一是看能否促进社会生产力的持续发展和社会全面进步；二是看能否实现和发展人民民主，增强党和国家的活力，保持和发挥社会主义制度的特点与优势；三是看能否保持国家政局的稳定和社会安定团结；四是看能否实现和维护最广大人民群众的根本利益。”这一标准已经为我国政党的长期实践所检验，也为世界各国政党历史所证明，因而为正确认识我国政党制度的优越性提供了判断的基本依据，也为我们客观认识世界其他国家的政党制度提供了一把钥匙。
五是进一步揭示了民主党派的性质和特点。正确认识和把握民主党派的性质和特点，是切实加强民主党派自身建设，充分发挥民主党派参政党作用的基础。江泽民同志指出民主党派是具有政治联盟性质的政党，一直具有进步性与广泛性的特点，并第一次明确提出了民主党派进步性与广泛性的具体内涵，即“现阶段，这种进步性集中体现在各民主党派向中国共产党通力合作，共同致力于建设有中国特色社会主义事业。民主党派的广泛性，是同其社会基础及自身特点联系在一起的。各民主党派的成员来自不同的社会阶层和群体，负有更多地反映和代表它们所联系的各部分群众的具体利益与要求的责任。“这种进步性和广泛性的统一，是各民主党派长期存在的理由，也是实行共产党领导的多党合作的基础。
六是进一步提出要支持各民主党派充分发挥参政议政、民主监督作用。民主党派参政议政、民主监督职能履行的程度，关系到我国改革开放和现代化建设事业发展的进度。因此，江泽民同志要求各级党委进行重大决策，要同民主党派进行协商；要扩大民主党派的知情范围和参与程度，进一步搞好参政议政；特别是要完善民主监督机制，加大民主监督力度。并强调广纳群言、以收众益，应成为中国共产党的各级领导干部的座右铭。
七是进一步强调了在多党合作中必须保持宽松稳定、团结和谐的政治环境。在多党合作过程中，不可避免地会出现一些差异和分歧。如何正确看待这些差异和分歧，是确保多党合作长期存在、健康发展的一个重大问题。江泽民同志明确提出：“保持宽松稳定、团结和谐的政治环境是多党合作的一项重要原则”。这是对我国半个多世纪多党合作正反两方面经验的科学总结，也为正确处理中国共产党同各民主党派之间的差异和分歧提供了重要依据。